β-內酰胺類抗生素都有一個β-內酰胺環這些抗生素的效應取決于它們是否能夠完整地達到青霉素結合蛋白以及是否能與青霉素結合蛋白結合因此細菌有兩種抵抗β-內酰胺類抗生素的方法

第一個抵抗方法是使用酶水解β-內酰胺環通過生產β-內酰胺酶等酶使細菌可以解開抗生素中的β-內酰胺環使得抗生素失效這些酶的基因可能本身就在細菌的染色體上也可能通過質粒交換而獲得其基因表達可能是在接觸抗生素后開始的細菌生產β-內酰胺酶并不表示使用任何β-內酰胺類抗生素均無效有時β-內酰胺類抗生素可以與β內酰胺酶抑制劑同時使用

不過在對付任何懷疑生產β-內酰胺酶的細菌使用β-內酰胺類抗生素前要仔細思考尤其是使用β-內酰胺類抗生素可能導致細菌生產β-內酰胺酶假如在治療開始時使用β-內酰胺類抗生素導致β-內酰胺酶的產生會使得此后使用其它β-內酰胺類抗生素非常困難

第二個抵抗方法改變青霉素結合蛋白的結構β-內酰胺類抗生素與這些青霉素結合蛋白的結合不牢固因此β-內酰胺類抗生素不能破壞細菌細胞壁耐甲氧西林金黃色葡萄球菌使用這個方式抵抗β-內酰胺類抗生素這個抵抗手段也全部排除使用β-內酰胺類抗生素進行治療的方法