蛋白酶對所作用的反應底物有嚴格的選擇性一種蛋白酶僅能作用于蛋白質分子中一定的肽鍵而不能作用與所有的肽鍵所以水解的結果是形成多個短肽例如胰蛋白酶能選擇地水解蛋白質中由賴氨酸或精氨酸的羧基所構成的肽鍵

 其實蛋白酶是催化蛋白質中肽鍵水解的酶的總稱按其水解多肽的方式可以將其分為內肽酶和外肽酶兩類內肽酶將蛋白質分子內部切斷形成分子量較小的短肽外肽酶從蛋白質分子的游離氨基或羧基的末端逐個將肽鍵水解而游離出氨基酸

也就是說上面消化中所說的蛋白酶是內肽酶而肽酶指的是外肽酶